El museo nacional contiene 5 salas permanentes, las que se han divido en: Introductoria, Migraciones y arraigo, Agricultura, Producción Artesanal Industria e intercambio y Religión. Además de tres salas temporales. En ella se pueden encontrar las etapas de la historia salvadoreña: Época Prehispánica, Época Colonial y Época Contemporánea. La sala de religión además cuenta con un homenaje a las pérdidas humanas durante el conflicto armado de El Salvador. El MUNA además cuenta con una Biblioteca especializada y una de las hemerotecas más completas del país. Aparte de estas actividades, la institución promociona muestras de cine, exhibiciones culturales o conciertos, y talleres lúdicos.
Sala Introductoria
Nos da un recorrido por varias temáticas de la Antropología y Arqueología de El Salvador: El Estudio de la Antropología: La antropología, estudia al ser humano en su pasado, presente y su proyección futuro. Campos Antropológicos: El estudio de origen, desarrollo, naturaleza y diversidad de la cultura es el objeto de la antropología. Patrimonio Cultural: Concepto que comprende todas aquellas manifestaciones espirituales, sociales y materiales heredadas por nuestros antepasados. Identidad Nacional: Producto de un proceso paralelo y complementario a la construcción y consolidación del Estado nacional y transformación de la sociedad Salvadoreña.
Sala de Migración y Arraigo
La renovación de esta Sala, forma parte de las acciones de actualización museística, que realiza la Dirección Nacional de Patrimonio Cultural de la Secretaria de Cultura de la Presidencia a través del Museo Nacional de Antropología, por la cual, se han llevado a cabo con anterioridad las reformas de la Sala de Producción artesanal, comercio, industria e intercambio, Sala No.3 (de junio 2010 a enero 2011) y de la Sala de Religión, Sala No.5, (de enero a octubre 2011). Estas intervenciones han cambiado el discurso expositivo del Museo, potenciado por nuevos recursos expositivos y por textos más acordes con los criterios científicos actuales.
La Sala de Migración y Arraigo, describe, analiza y exhibe, el fenómeno migratorio en el país desde la época prehispánica hasta la actualidad. Su disposición ha seguido un criterio fundamentalmente temático, tanto en el discurso principal como en los textos de reflexión, en el que se cruza con eje transversal la participación de la mujer en los procesos migratorios.
La exposición permanente está organizada en tres grandes periodos: Prehispánico, Histórico y Contemporáneo y se distribuye de acuerdo a los siguientes contenidos:
Época Prehispánica:Poblamiento de América; Inicio del sedentarismo; Periodo Preclásico: origen de la civilización; Periodo Clásico: consolidando la civilización; Periodo Postclásico. Reflexión: Participación de la mujer en la época prehispánica; El Salvador: un puente cultural en Mesoamérica; Influencias regionales en El Salvador prehispánico.
Época histórica:Descubrimiento.Conquista.Colonia.Independencia.República.
Época contemporánea: Conceptos básicos sobre migración; Fenómeno migratorio en El Salvador; Compatriotas en el mundo; Motivos de la migración; Políticas migratorias; Transnacionalismo migratorio; Territorio y arraigo; Galería de salvadoreños en el exterior; Nueva dimensión identitaria salvadoreña.
Sala de la Agricultura
A través de la sala se observan las diferentes técnicas e instrumentos agrícolas ocupados en el territorio nacional a través del tiempo, dieta alimenticia y principales productos agrícolas. En la época colonial se muestran los principales productos que fueron explotados por los españoles los cuales fueron el cacao, el añil y el bálsamo; en la época contemporánea se reflejan las técnicas empleadas en la agricultura, la importancia del maíz y otros cultivos tales como el café, el algodón y el henequén.
Sala de Producción Artesanal, Industria e Intercambio
El contenido de esta sala aborda los avances tecnológicos, permitieron crear sistemas de producción, para consumo y distribución de los productos. Nuestro pasado histórico nos ha legado una riqueza artesanal traducida en infinidad de objetos de distintas dimensiones y usos. Una de las características más sobresalientes de la Zona Central centroamericana- donde se encuentra nuestro país- es distinta variedad de patrones culturales, esto se refleja en los distintos tipos de cerámicos. Se puede decir, que es una estrategia de supervivencia que era evidente en las redes de intercambio comerciales a través de los años.
De igual forma, han surgido otras formas de comercio que va de la mano con la tecnología, donde ciertamente la producción artesanal se destaca como rubro de exportación y sus productos compiten en el ámbito mundial.
Sala de la Religión
Presenta principalmente la cosmovisión que los indígenas poseían con respecto a sus dioses y el misticismo de los sacrificios y la muerte; en la época colonia se muestra la introducción del catolicismo y sus diferentes manifestaciones; en la época contemporánea se presenta la diversidad de religiones y la libertad de culto que surge de la tolerancia religiosa que existe en nuestro país. Su colección de tipo arqueológico se enfoca en la interpretación de los aspectos religiosos de la época prehispánica.
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